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通过短信使用痕迹，确实可以查到是谁在使用小号发短信。但仅限于运营商或公安机关等特定机构进行查询，普通用户是无法查询的。这些特定机构可以通过手机号码的识别码等信息追踪手机的使用情况。因此，苹果用户的小号发短信，在特定情况下是可以查到是谁的。

普通用户想要保护自己的隐私不被泄露，可以选择保护个人隐私设置，避免不必要的泄露风险，也要注意防范来自不法分子的短信欺诈等风险，建议用户谨慎使用小号等隐私保护措施，避免不必要的风险。